MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240 plasmid pSTMDT12_L

Total Repeats: 1876

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016861	CAG	2	6	121	126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987265
2	NC_016861	CCA	2	6	221	226	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987265
3	NC_016861	GC	3	6	239	244	0 %	0 %	50 %	50 %	378987265
4	NC_016861	AGT	2	6	262	267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987265
5	NC_016861	GCG	2	6	268	273	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987265
6	NC_016861	GCC	3	9	274	282	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987265
7	NC_016861	ATG	2	6	391	396	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987266
8	NC_016861	AGG	2	6	404	409	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378987266
9	NC_016861	GAA	2	6	417	422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378987266
10	NC_016861	GCG	2	6	440	445	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987266
11	NC_016861	CCA	2	6	512	517	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987266
12	NC_016861	CTG	2	6	722	727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987267
13	NC_016861	CCGT	2	8	752	759	0 %	25 %	25 %	50 %	378987267
14	NC_016861	AGC	2	6	791	796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987267
15	NC_016861	ATA	2	6	827	832	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378987267
16	NC_016861	TGGC	2	8	869	876	0 %	25 %	50 %	25 %	378987267
17	NC_016861	TTA	2	6	881	886	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378987267
18	NC_016861	G	9	9	914	922	0 %	0 %	100 %	0 %	378987267
19	NC_016861	ACTGG	2	10	923	932	20 %	20 %	40 %	20 %	378987267
20	NC_016861	CAG	2	6	962	967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987267
21	NC_016861	CTG	2	6	981	986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987268
22	NC_016861	GT	3	6	1018	1023	0 %	50 %	50 %	0 %	378987268
23	NC_016861	TTC	2	6	1030	1035	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378987268
24	NC_016861	ATT	2	6	1087	1092	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378987268
25	NC_016861	GCA	2	6	1098	1103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987268
26	NC_016861	GTC	2	6	1130	1135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987268
27	NC_016861	GAA	2	6	1431	1436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378987269
28	NC_016861	A	6	6	1455	1460	100 %	0 %	0 %	0 %	378987269
29	NC_016861	GAC	2	6	1461	1466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987269
30	NC_016861	ACAT	2	8	1496	1503	50 %	25 %	0 %	25 %	378987269
31	NC_016861	AAAG	2	8	1504	1511	75 %	0 %	25 %	0 %	378987269
32	NC_016861	GCA	2	6	1515	1520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987269
33	NC_016861	ACT	2	6	1540	1545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987269
34	NC_016861	CTA	2	6	1564	1569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987269
35	NC_016861	TGAC	2	8	1920	1927	25 %	25 %	25 %	25 %	378987270
36	NC_016861	AATCCG	2	12	1964	1975	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378987270
37	NC_016861	GA	3	6	1987	1992	50 %	0 %	50 %	0 %	378987270
38	NC_016861	CGTT	3	12	2079	2090	0 %	50 %	25 %	25 %	378987270
39	NC_016861	GCC	2	6	2113	2118	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987270
40	NC_016861	TGC	2	6	2121	2126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987270
41	NC_016861	CGT	2	6	2129	2134	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987270
42	NC_016861	GCT	2	6	2146	2151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987270
43	NC_016861	TACC	2	8	2314	2321	25 %	25 %	0 %	50 %	378987270
44	NC_016861	CCGA	2	8	2357	2364	25 %	0 %	25 %	50 %	378987270
45	NC_016861	GCC	2	6	2423	2428	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987270
46	NC_016861	CGC	2	6	2429	2434	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987270
47	NC_016861	CAG	2	6	2456	2461	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987270
48	NC_016861	GATG	2	8	2491	2498	25 %	25 %	50 %	0 %	378987270
49	NC_016861	GCG	2	6	2590	2595	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987270
50	NC_016861	CAG	2	6	2639	2644	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987270
51	NC_016861	CGG	2	6	2677	2682	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987270
52	NC_016861	GCG	2	6	2710	2715	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987270
53	NC_016861	ATG	3	9	2729	2737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987270
54	NC_016861	AAAT	2	8	3987	3994	75 %	25 %	0 %	0 %	378987272
55	NC_016861	ACT	2	6	4065	4070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987272
56	NC_016861	CCT	2	6	4106	4111	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378987272
57	NC_016861	T	6	6	4134	4139	0 %	100 %	0 %	0 %	378987272
58	NC_016861	CAG	2	6	4152	4157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987272
59	NC_016861	GT	3	6	4163	4168	0 %	50 %	50 %	0 %	378987272
60	NC_016861	T	6	6	4191	4196	0 %	100 %	0 %	0 %	378987272
61	NC_016861	CTGACA	2	12	4207	4218	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378987272
62	NC_016861	TCAC	2	8	4255	4262	25 %	25 %	0 %	50 %	378987272
63	NC_016861	A	7	7	4330	4336	100 %	0 %	0 %	0 %	378987272
64	NC_016861	TC	3	6	4397	4402	0 %	50 %	0 %	50 %	378987272
65	NC_016861	ACGG	2	8	4442	4449	25 %	0 %	50 %	25 %	378987272
66	NC_016861	ACATCC	2	12	4519	4530	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	378987272
67	NC_016861	CAC	2	6	4569	4574	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987272
68	NC_016861	ATG	2	6	4575	4580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987272
69	NC_016861	ACC	2	6	4583	4588	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987272
70	NC_016861	TCTG	2	8	4603	4610	0 %	50 %	25 %	25 %	378987272
71	NC_016861	TCC	2	6	4683	4688	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378987272
72	NC_016861	A	7	7	4696	4702	100 %	0 %	0 %	0 %	378987272
73	NC_016861	ATT	2	6	4723	4728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378987272
74	NC_016861	ACCGGC	2	12	5201	5212	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378987273
75	NC_016861	CAT	2	6	5287	5292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987273
76	NC_016861	ACG	2	6	5356	5361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987273
77	NC_016861	GCG	2	6	5374	5379	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987273
78	NC_016861	CAGC	2	8	5497	5504	25 %	0 %	25 %	50 %	378987273
79	NC_016861	CAG	3	9	5516	5524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987273
80	NC_016861	T	7	7	5539	5545	0 %	100 %	0 %	0 %	378987273
81	NC_016861	TCC	2	6	5784	5789	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378987274
82	NC_016861	ACCACG	2	12	5807	5818	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378987274
83	NC_016861	TACA	2	8	5836	5843	50 %	25 %	0 %	25 %	378987274
84	NC_016861	GTT	2	6	5851	5856	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378987274
85	NC_016861	GT	3	6	5911	5916	0 %	50 %	50 %	0 %	378987274
86	NC_016861	TCAC	2	8	5924	5931	25 %	25 %	0 %	50 %	378987274
87	NC_016861	T	6	6	5977	5982	0 %	100 %	0 %	0 %	378987274
88	NC_016861	CCA	2	6	5991	5996	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987274
89	NC_016861	TCCCCG	2	12	6010	6021	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	378987274
90	NC_016861	CGG	2	6	6088	6093	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987274
91	NC_016861	TGC	2	6	6105	6110	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987274
92	NC_016861	GTGG	2	8	6121	6128	0 %	25 %	75 %	0 %	378987274
93	NC_016861	CCGCTC	2	12	6136	6147	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	378987274
94	NC_016861	CCG	2	6	6170	6175	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987274
95	NC_016861	GCA	2	6	6225	6230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987274
96	NC_016861	CCA	2	6	6252	6257	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987274
97	NC_016861	GAG	2	6	6260	6265	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378987274
98	NC_016861	GGTC	2	8	6270	6277	0 %	25 %	50 %	25 %	378987274
99	NC_016861	CTG	2	6	6293	6298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987274
100	NC_016861	GCC	2	6	6325	6330	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987274
101	NC_016861	GCCG	2	8	6418	6425	0 %	0 %	50 %	50 %	378987274
102	NC_016861	CAG	2	6	6445	6450	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987274
103	NC_016861	TGC	2	6	6451	6456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987274
104	NC_016861	CAT	2	6	6532	6537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987275
105	NC_016861	CAG	3	9	6606	6614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987275
106	NC_016861	GGA	2	6	6635	6640	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378987275
107	NC_016861	ATC	2	6	6666	6671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987275
108	NC_016861	CAG	2	6	6694	6699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987276
109	NC_016861	ACC	2	6	6707	6712	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987276
110	NC_016861	GCA	2	6	6713	6718	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987276
111	NC_016861	GGC	2	6	6757	6762	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987276
112	NC_016861	TTG	2	6	6764	6769	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378987276
113	NC_016861	CCA	2	6	6846	6851	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987276
114	NC_016861	CGG	2	6	6861	6866	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987276
115	NC_016861	CGG	2	6	6926	6931	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987276
116	NC_016861	CCA	2	6	6960	6965	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987276
117	NC_016861	GCCG	2	8	6967	6974	0 %	0 %	50 %	50 %	378987276
118	NC_016861	GAA	2	6	6976	6981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378987276
119	NC_016861	TCA	2	6	7008	7013	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987276
120	NC_016861	CAG	2	6	7060	7065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987276
121	NC_016861	GGGC	2	8	7156	7163	0 %	0 %	75 %	25 %	378987276
122	NC_016861	CCA	2	6	7182	7187	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987276
123	NC_016861	ACC	2	6	7202	7207	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987276
124	NC_016861	CAGC	2	8	7253	7260	25 %	0 %	25 %	50 %	378987276
125	NC_016861	A	6	6	7265	7270	100 %	0 %	0 %	0 %	378987276
126	NC_016861	ATA	2	6	7275	7280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378987276
127	NC_016861	CTT	2	6	7600	7605	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378987277
128	NC_016861	TGAA	2	8	7610	7617	50 %	25 %	25 %	0 %	378987277
129	NC_016861	CAT	2	6	7681	7686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987277
130	NC_016861	GCA	2	6	7758	7763	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987277
131	NC_016861	GCA	3	9	7786	7794	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987277
132	NC_016861	CCG	2	6	7827	7832	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987277
133	NC_016861	GCA	2	6	8015	8020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987278
134	NC_016861	GC	3	6	8046	8051	0 %	0 %	50 %	50 %	378987278
135	NC_016861	AAT	2	6	8086	8091	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378987278
136	NC_016861	ACC	2	6	9700	9705	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987279
137	NC_016861	GTT	2	6	9768	9773	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378987279
138	NC_016861	CAT	2	6	9797	9802	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987279
139	NC_016861	CAGT	2	8	9812	9819	25 %	25 %	25 %	25 %	378987279
140	NC_016861	TAC	2	6	9830	9835	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987279
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142	NC_016861	ATT	2	6	9861	9866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378987279
143	NC_016861	GCT	2	6	9900	9905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987279
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149	NC_016861	GAATG	2	10	10110	10119	40 %	20 %	40 %	0 %	378987279
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155	NC_016861	AGT	2	6	10429	10434	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987280
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164	NC_016861	GCC	2	6	10775	10780	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987280
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251	NC_016861	TGACA	2	10	16374	16383	40 %	20 %	20 %	20 %	378987286
252	NC_016861	TCA	2	6	16663	16668	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987287
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255	NC_016861	TCA	2	6	16765	16770	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987287
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261	NC_016861	TGAC	2	8	17256	17263	25 %	25 %	25 %	25 %	378987287
262	NC_016861	GAAT	2	8	17344	17351	50 %	25 %	25 %	0 %	378987287
263	NC_016861	TATCCA	2	12	17378	17389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987287
264	NC_016861	GA	3	6	17436	17441	50 %	0 %	50 %	0 %	378987287
265	NC_016861	TTC	2	6	17454	17459	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378987287
266	NC_016861	GGA	2	6	17598	17603	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378987287
267	NC_016861	ACAA	2	8	17617	17624	75 %	0 %	0 %	25 %	378987287
268	NC_016861	TTA	2	6	18144	18149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378987288
269	NC_016861	CAG	2	6	18214	18219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987288
270	NC_016861	TCT	2	6	18242	18247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378987288
271	NC_016861	GCT	2	6	18257	18262	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987288
272	NC_016861	TCTGTT	2	12	18365	18376	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378987288
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274	NC_016861	ATTT	2	8	18612	18619	25 %	75 %	0 %	0 %	378987289
275	NC_016861	ATC	2	6	18985	18990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987290
276	NC_016861	A	6	6	19021	19026	100 %	0 %	0 %	0 %	378987290
277	NC_016861	TAA	2	6	19066	19071	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378987290
278	NC_016861	GTT	2	6	19098	19103	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378987290
279	NC_016861	CCT	2	6	19158	19163	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378987290
280	NC_016861	GA	3	6	19164	19169	50 %	0 %	50 %	0 %	378987290
281	NC_016861	TGC	3	9	19172	19180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987290
282	NC_016861	CAT	2	6	19261	19266	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987290
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284	NC_016861	ACAGTG	2	12	20110	20121	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378987291
285	NC_016861	GACAGC	2	12	20122	20133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987291
286	NC_016861	GCT	2	6	20139	20144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987291
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291	NC_016861	CAT	2	6	20383	20388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987292
292	NC_016861	CGG	2	6	20402	20407	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987292
293	NC_016861	CTG	2	6	20435	20440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987292
294	NC_016861	CTG	2	6	20501	20506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987292
295	NC_016861	TGC	2	6	20641	20646	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987293
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383	NC_016861	GCG	2	6	24009	24014	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987299
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